Nach der Transkription der CRISPR-DNA entsteht in der Zelle die pre-crRNA (für „precursor“ crRNA). Pre-crRNA ist eine RNA-Sequenz und besteht sowohl aus Palindrom- als auch „Spacer“-Sequenzen, und wird in crRNA umgewandelt (eine sogenannte posttranskriptionelle Modifikation). Dies geschieht während der Bearbeitungsphase der CRISPR/Cas-Immunabwehr.