Das Ziel der physikalischen Kartierung ist es, eine vollständige Sequenz eines Genoms zu erstellen.
Genomsequenzen können aus technischen Gründen bisher nicht am Stück gelesen werden. Die Sequenzstücke müssen nach der Sequenzierung in der richtigen Reihenfolge aneinander gefügt werden, um aus ihrer Gesamtheit ein komplettes Chromosom zu erhalten. Die korrekte Anordnung von Klonen aus einem Clone-by-Clone Verfahren, woraus die Sequenz eines Chromosoms erlangt werden kann.