Das BAC-by-BAC-Verfahren ist eine Sequenzierungsmethode in Pflanzen, die auf zwei Schritten beruht.
Zuerst wird mit Hilfe von BAC-Klonen (typischerweise 100 -150 kb) eine physikalische Karte des Zielgenoms oder –chromosoms erstellt. Ein Set von sich überlappenden Klonen, die einen „Minimal Tiling Path“ (MTP) repräsentieren, wird entlang eines Chromosoms des Zielgenoms angeordnet.
Die individuell kartierten Klone des MTP werden dann mit dem „Shotgunverfahren“ sequenziert. Die DNA eines jeden BAC-Klons wird in zufällige, kleine Stücke zerlegt, die dann entweder in ein Plasmid kloniert und anschließend mit der Sanger-Methode oder direkt mit einer Hochdurchsatz-Next-Generation-Sequenzierungs-Methode (NGS) bzw. Whole-Gnome-Shotgun-Sequenzierungs-Methode (WGS) sequenziert werden.
Die Sequenzen werden im Anschluss bündig aneinander angelegt, sodass sich identische Sequenzabschnitte überlappen und die Contigs zu einer fertigen Sequenz zusammengefügt werden können.
Siehe auch: DNA-Sequenzierung.