Der Metabolische Quotient zeigt die Energieeffizienz der Mikroorganismen im Boden an. Er errechnet sich aus der Basalatmung (der Energiemenge, die Organismen brauchen, um ihre Grundfunktionen aufrechtzuerhalten) bezogen auf eine definierte Menge Mikroorganismen und ergibt damit ein indirektes Maß für das Vermögen einer mikrobiellen Lebensgemeinschaft, organische Substanz umzusetzen. Ein hoher Metabolischer Quotient deutet auf eine Störung dieser Lebensgemeinschaft hin.