Wenn in dem Enzym Cas9 beide Nuklease-Domänen durch gezielte Mutationen ausgeschaltet werden, erhält man dCas9 (für deaktiviertes bzw. „deactivated“ Cas9). Diese inaktive Version des Enzymes ist nicht mehr in der Lage, DNA zu schneiden. Die Fähigkeit des Proteins mithilfe von der crRNA bzw. sgRNA an DNA spezifisch zu binden, bleibt weiterhin erhalten.
Diese Eigenschaft – DNA-Sequenzen spezifisch zu erkennen – wird in der Grundlagenforschung genutzt, um zum Beispiel die Expression eines Gens gezielt zu verändern. Dies wird auch CRISPR-Interferenz (CRISPRi) genannt.