Mit CRISPR-Interferenz (kurz CRISPRi) bezeichnet man die Veränderung der Genexpression mithilfe einer modifizierten Version des CRISPR/Cas9-Systems. Hierfür benutzt man das inaktive Protein dCas9 (für deaktiviertes bzw. „deactivated“ Cas9), das keine Nuklease-Aktivität aufweist. dCas9 wird durch die gezielte Mutation von zwei Aminosäuren erzeugt.
dCas9, in Kombination mit versetzt mit der geeigneten sgRNA, bindet an spezifischen Stellen der DNA ohne diese zu schneiden. Diese Bindung stört die natürliche Interaktion zwischen DNA und Transkriptionsfaktoren, so dass das entsprechende Gen nicht abgelesen wird und damit inaktiv bleibt.
(Achtung: CRISPRi ist nicht mit der Interferenzphase während des CRISPR/Cas-Immunabwehrprozesses zu verwechseln.)