Das Transkriptom ist die Summe der zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle transkribierten, das heißt von der DNA in RNA umgeschriebenen Gene, also die Gesamtheit aller in einer Zelle hergestellten RNA-Moleküle.
Zur Analyse des Transkriptoms wird in aller Regel auf die DNA-Chip-Technologie (DNA Microarrays) zurückgegriffen. Eine andere Methode, bei der auch die Aktivität unbekannter Gene beobachtet werden kann, ist die so genannte Serielle Analyse der Genexpression (SAGE). Beide Methoden werden voraussichtlich durch die neuartige direkte RNA-Sequenzierungsmethoden abgelöst werden.