Die Rhizosphäre ist der unmittelbar (ca. 3 mm) durch eine lebende Wurzel beeinflussten Raum im Boden. In diesem Raum finden mechanische, physikalische, chemische und biologische Interaktionen statt.
Die Rhizosphäre ist Lebensraum für zahlreiche Organismengruppen (Pilze, Bakterien, Nematoden u.a.). Beeinflusst wird die Rhizosphäre auch durch Stoffe, welche von Pflanzenwurzeln abgegeben werden. Durch Exsudatausscheidungen kommt es zur Veränderungen des pH-Wertes und dadurch zur Mobilisierung von Nährstoffen. Im Verlauf der Pflanzenentwicklung dringen die Wurzeln in immer neue Bereiche des Bodens vor und erschließen sich kontinuierlich Nährstoffe und Wasser.
Als Rhizospähreneffekt wird die Zunahme an biologischen Leben (Organismendichte) im wurzelnahen Bereich bezeichnet. Der höhere Organismenbesatz führt zur Konkurrenz und Schädigungen aber auch zu Synergien und Symbiosen.