Pleiotropie bedeutet, dass ein einzelnes Gen für verschiedene phänotypische Eigenschaften eines Organismus verantwortlich ist. Ursache hierfür sind die Transkriptionsprodukte, das heißt die aus einem Gen kodierten RNA-Moleküle, aus denen Proteine synthetisiert werden.
Pleiotrope Effekte können dann auftreten, wenn die Veränderung eines Gens die Expression anderer, verknüpfter Gene beeinflusst oder neue Stoffwechselprodukten (Metaboliten) entstehen lässt.