Untergruppe von homologen Genen.
Orthologe Gene sind Gene, die in verschiedenen Organismen (z. B. Mensch, Fliege, Maus, Sonnenblume) vorkommen und deren Basenabfolge hoch konserviert ist. Stammesgeschichtlich wird in diesem Fall ein gemeinsamer Vorfahre vermutet, aus dem heraus sich die entsprechenden Organismen entwickelt haben. Durch die hohe Übereinstimmung in der Basensequenz wird eine ähnliche Funktionalität der von ihnen codierten Proteine vermutet.
Gebräuchlich ist auch die Verwendung des Bergriffs orthologe Gene, wenn Gene auf einem Chromosom in hoch konservierter Reihenfolge vorliegen.