Sequenziermethoden der nächsten Generation („Next generation sequencing“, NGS), wie beispielsweise die 1996 entwickelte Pyrosequenzierung, sind aus der Genomforschung heute nicht mehr wegzudenken und bieten die Möglichkeit der kostengünstigen und schnellen Ultra-Hochdurchsatz-Sequenzierung eines kompletten Genoms von mehreren hundert Megabasen.
Die meisten Ultra-Hochdurchsatz-Methoden verwenden nicht mehr eine Auftrennung der DNA über Kapillarelektrophorese wie bei der klassischen Sanger-Methode, sondern eine Kopplung von Molekülen an Oberflächen und Aufnahmen von Reihen von hochauflösenden Bildern. Diese innovativen Technologien haben das Potential, die biologische und biomedizinische Forschung zu revolutionieren, indem sie Genom-Ananlysen wesentlich beschleunigen und vergünstigen.
Während die Sequenzierung einer Megabase nach dem Sangerprinzip ungefähr 500 US-Dollar kostet, sind diese Daten mit den neuen Geräten bereits wesentlich schneller und günstiger zu haben. Mit den NGS-Technologien kann derzeit in 8 Wochen für 100.000 Dollar ein gesamtes menschliches Genom sequenziert werden.