Als einen inverted repeat (or IR) bezeichnet man eine Nukleotidsequenz, die entgegengesetzt komplementär zu einer weiter unten im Genom liegenden Nukleotidsequenz ist.
Ein Beispiel ist die Sequenz 5’-GACTGC....GCAGTC-3’. Wenn keine Nukleotide zwischen den beiden Repeats liegen, wir der Abschnitt als Palindrom bezeichnet. Inverted repeats bilden z.B. die Grenzen eines Transposons. Sie zeigen außerdem Regionen an, bei denen es zu Basenpaarungen innerhalb einer Sequenz kommen kann.