Unter „ecological engineering“ versteht man das Designen oder die gezielte Änderung von einem Ökosystem, um das natürliche Gleichgewicht in einer bestimmten Richtung zu lenken bzw. nachhaltig wiederherzustellen. Bei der Methode ist unabdingbar, dass bei der Verfolgung von den erwünschten Zielen keine Nebenwirkungen für das Ökosystem entstehen.
Beispiele von „ecological engineering“ sind der Abbau von Umweltschadstoffen durch Pflanzen oder Mikroorganismen (die sogenannte Bioremediation oder biologische Sanierung) oder auch der Eingriff in der Rhizosphäre mit dem Ziel, das Pflanzenwachstum zu fördern.
Das „ecological engineering“ wird sowohl in terrestrischen als auch in aquatische Ökosystemen benutzt. Der Begriff „ecological engineering“ wurde erstmal 1962 vom amerikanischen Ökologen Howard Odum eingeführt.