Argonautenproteine (AGO) sind evolutionär stark konservierte Proteine, die für die Aktivierung und Regulation von Genen eine wichtige Rolle spielen. Sie kommen in fast allen Organismen vor. Je nach Organismus kodiert das Genom unterschiedlich viele Argonautenproteine.
AGO-Proteine sind an RNA-Interferenz-Reaktionen, dem microRNA bedingten mRNA-Abbau und dem posttransrkiptionellen Gen-Silencing beteiligt. Bislang wurden zehn AGO-Proteine bei Pflanzen nachgewiesen, die auf verschiedenen Ebenen der RNA-Interferenz wirken und damit für die Virenabwehr von Bedeutung sind.
Die für Argonautenproteine kodierenden Gene nennt man Argonaut-Gene.