Als PAM (für „protospacer adjacent motif“) bezeichnet man die DNA-Sequenz in der Nähe eines „Protospacers“. Sie ist eine wichtige Erkennungssequenz für das CRISPR/Cas-System, die sich nur in der Target-DNA befindet, damit Cas-Proteine nicht das eigene Erbgut angreifen. Dies bedeutet, dass falls ein Cas/crRNA-Komplex an einen DNA-Abschnitt ohne PAM-Sequenz bindet, die Nuklease-Aktivität nicht eingeschaltet wird.
Zwar stellt die PAM-Sequenz in der Target-DNA eine gewisse Beschränkung für die Aktivität des Proteins dar, da der Cas9/sgRNA-Komplex nur DNA, die mit PAM-Sequenz ausgestattet sind, schneidet.
Die PAM-Sequenz, die von dem Typ II CRISPR/Cas9-System von dem Modellorganismus Streptococcus pyogenes erkannt wird, ist NGG (mit G = Guanin und N = ein beliebiges Nukleotid). Sie kommt daher in der Ziel-DNA sehr oft vor.