Als „Protospacer“ bezeichnet man den Abschnitt in der viralen DNA, die nach einer Virusinfektion eventuell in der CRISPR-DNA von Prokaryoten als neuer „Spacer“ eingefügt wird.
Während des CRISPR/Cas-Prozesses wird eine crRNA gebildet, die komplementär zum „Protospacer“ ist. Diese Basenpaarung wird von den Cas-Proteinen erkannt und spezifisch geschnitten, was für das Virus tödlich ist.
Der „Protospacer“ ist somit der DNA-Abschnitt des Viruses, das sowohl in die prokaryotische CRISPR-DNA eingebaut wird (Akquisitionsphase) als auch von dem Cas-RNA-Komplex erkannt und abgebaut wird (Interferenzphase).
Auf dieser Tatsache basiert der molekulare Gedächtnismechanismus der prokaryotischen Immunabwehr. In diesem Sinn ist der „Protospacer“ gleichzeitig die Target-DNA.