Polygenie bedeutet, dass mehrere Gene an der Ausprägung eines Merkmals beteiligt sind. Bei der komplementären Polygenie ergänzen sich komplementäre Gene hierbei und beide sind notwendig, damit das Merkmal ausgeprägt werden kann.
Ein Beispiel hierfür ist die die Ähre der wilden Gerste Hordeum vulgare ssp. spontaneum: Sie bildet eine Abschnürungsfurche, sobald die Samen reif sind und stößt sie ab. In den beiden Abstammungslinien der kultivierten Gerste Hordeum vulgare ssp. vulgare - den Typen btr1 und btr2 - ist jeweils eines der beiden komplementären Gene mutiert, das für die Ausbildung der Abschnürungsfurche kodieren würde. Aufgrund der Mutation in einem der beiden Gene, verlieren beide ihre Funktion, sie bilden die Furche nicht mehr aus und die Samen bleiben fest an der Ähre verhaftet.