Die heterotrophen Zooplankter ernähren sich als Primär- und Sekundärkonsumenten direkt oder indirekt vom Phytoplankton. Selbst stellen sie die Nahrung für größere Tiere dar.
Die Ausscheidungen des Zooplanktons bilden zusammen mit anderem organischen Material den sogenannten Meeresschnee (Seston), der ebenfalls von einigen Organismen als Nahrung genutzt wird.
Unter den Nahrungsbeziehungen des Planktons kommt auch Parasitismus vor.
Das heterotrophe Zooplankton ist wesentlich heterogener zusammengesetzt als das Phytoplankton.
Siehe auch: Plankton, Phytoplankton.