Allele sind nahezu identische Gene, die sich an der gleichen Stelle eines Chromosoms (Genort oder Locus) befinden und sich nur um ein Geringes in der Basenabfolge von einander unterscheiden.
Sie haben dieselbe Funktion (z. B. sind sie für die Blütenfarbe zuständig), durch die leicht veränderte Basenabfolge kommt es bei der Genexpression aber zu einer veränderten Ausprägung (z. B. Blütenfarbe rot oder weiß). Es handelt sich also um ein Gen, das in verschiedenen Ausprägungsformen (zwei oder mehr) vorhanden ist, die sich in einem unterschiedlichen Phänotyp ausdrücken.
Da die meisten Lebewesen diploid sind, also einen doppelten Chromosomensatz besitzen, kann es vorkommen, dass auf demselben Genort zwei gleiche Allele oder zwei unterschiedliche Allele zu finden sind. Bei gleichen Allelen spricht man von Reinerbigkeit (Homozygotie), bei unterschiedlichen Allelen von Mischerbigkeit (Heterozygotie).
Siehe auch: Heterozygotie/Homozygotie.