Auskreuzung oder auskreuzen bezeichnet die Weitergabe einer genetischen Information auf Individuen einer anderen Art oder in einer anderen Population bzw. Sorte der gleichen Art.
Diese Übertragung findet durch männliche Keimzellen, den Pollen statt. Gezieltes Auskreuzen wird in der Pflanzenzüchtung eingesetzt, um die genetische Vielfalt einer Pflanzenlinie zu erhöhen.
Von Bedeutung ist die Auskreuzung auch für die biologischen Sicherheitsforschung bei der Bewertung gentechnisch veränderter Pflanzen, so genannter gv-Pflanzen. In diesem Fall geht es darum Auskreuzungen auf wildlebende Pflanzen oder andere Pflanzensorten zu verhindern bzw. so gering zu halten, dass diese keinen ökologischen Effekt haben. Dem Vorsorgeprinzip folgend, müssen diesen Auskreuzungen keinen zwingenden negativen Effekt haben. Maßnahmen, die ein Auskreuzen verhindern, werden deshalb bei Freisetzungsversuchen vor allem bei fremdbefruchtenden Pflanzen gefordert.