Forschungsgebiet, das mit molekularbiologischen Methoden die Gesamtheit der Mikroorganismen eines Biotops erfasst.
Das Metagenom stellt die Gesamtheit der genomischen Information der Mikroorgansimen eines Lebensraums zum Zeitpunkt der Untersuchung dar. Metagenomische Methoden ermöglichen die Identifizierung von Mikroorganismen, auch wenn sie nicht kultivierbar sind. Man geht davon aus, dass 90 Prozent aller Mikroorganismen nicht kultivierbar und damit mit klassischen Methoden nicht zu identifizieren sind.