Der metabolomic Quantitative Trait Locus (kurz: mQTL) ist ein Genomabschnitt, der die Ausprägung des quantitativen Gehalts eines Stoffwechselprodukts (Metabolit) beeinflusst.
In Abgrenzung zum Quantitative Trait Locus (kurz: QTL) bezieht sich der mQTL damit auf das spezifische Stoffwechselprofil einer Pflanzen, also nur indirekt auf die phänotypischen Merkmale.
In der Pflanzenzucht dienen QTL dazu, Pflanzen mit gewünschten Eigenschaften zu identifizieren.