Das Joint Linkage Association Mapping vereint zwei unterschiedliche Kartierungstechniken für Gene: das Linkage Mapping und das Association Mapping.
Das Linkage Mapping beschreibt, wie häufig zwei Merkmale gemeinsam vererbt werden. Je häufiger es zwischen zwei Merkmalen zur Rekombination kommt, desto weiter sind sie vermutlich voneinander entfernt.
Das Association Mapping untersucht, ob ein Merkmal (meist ein SNP) in einem bestimmten Phänotyp häufiger auftaucht, als statistisch zu erwarten wäre. So können Eigenschaften aufgespürt werden, die erst relativ kurz in einer Population existieren.