Das Prinzip beruht auf der Durchflusszytometrie, bei der in Lösung befindliche Zellen durch Kapillare gepresst werden, so dass sich nach großer Wahrscheinlichkeit in einem Tropfen jeweils eine Zelle befindet.
Die Tropfen passieren einen Laserstrahl, der den entsprechenden Fluoreszenzmarker in der Zelle anregt. Streulicht und Fluoreszenz werden dann durch Photomultiplier gemessen. Je nach Messwert werden die Tropfen in bestimmtem Maße aufgeladen und durch elektrisch geladene Platten mehr oder weniger stark abgelenkt und dadurch sortiert.